به دليل بازار پر رونق و ورود كالاهاي بسيار مهم از كشورهاي حاشيه خليج فارس به اين جزيره، وجود بنادر مهم و همچنين بنادر اختصاصي بسيار مهم هستند. چنانكه در قديم بنادر صيادي و بنادر تجاري در كنار يك ديگر قرار داشته ولي اكنون به دليل رونق اقتصادي بنادر به صورت اختصاصي و ويژه امور خدمات به كشتي هاي تجاري و صيادان را انجام مي دهند.
مديريت بنادر و دريانوردي سازمان منطقه آزاد قشم با هدف مديريت، نظارت، كنترل امور فعاليت هاي بندري و امور دريايي بنادر جزيره قشم در حوزه معاونت اقتصادي و سرمايه گذاري در چارت سازماني قرار گرفته است.
بنادر اصلي تحت نظارت مديريت بنادر به شرح ذيل مي باشد :
بندر بهمن (تجاري – مسافري)
بندر شهيد ذاكري (مسافري)
بندر هامون (تفريحي)
اسكله فجر (حمل مصالح ساختماني)
بندر درگهان (مسافري)
بندركاوه (تجاري)
اسكله لافت (باري ، مسافري)
اسكله پهل (باري ، مسافري)