به دلیل بازار پر رونق و ورود کالاهای بسیار مهم از کشورهای حاشیه خلیج فارس به این جزیره، وجود بنادر مهم و همچنین بنادر اختصاصی بسیار مهم هستند. چنانکه در قدیم بنادر صیادی و بنادر تجاری در کنار یک دیگر قرار داشته ولی اکنون به دلیل رونق اقتصادی بنادر به صورت اختصاصی و ویژه امور خدمات به کشتی های تجاری و صیادان را انجام می دهند.
مدیریت بنادر و دریانوردی سازمان منطقه آزاد قشم با هدف مدیریت، نظارت، کنترل امور فعالیت های بندری و امور دریایی بنادر جزیره قشم در حوزه معاونت اقتصادی و سرمایه گذاری در چارت سازمانی قرار گرفته است.
بنادر اصلی تحت نظارت مدیریت بنادر به شرح ذیل می باشد :
بندر بهمن (تجاری – مسافری)
بندر شهید ذاکری (مسافری)
بندر هامون (تفریحی)
اسکله فجر (حمل مصالح ساختمانی)
بندر درگهان (مسافری)
بندرکاوه (تجاری)
اسکله لافت (باری ، مسافری)
اسکله پهل (باری ، مسافری)